Lahir di Seattle pada tahun 1960, Thayil dibesarkan di pinggiran Chicago Park Forest. Orang tuanya berasal dari negara bagian Kerala di India ke Seattle. Ayahnya Boniface Thayil memperoleh gelar di bidang teknik kimia, menerima pekerjaan di Chicago dan pindah ke sana bersama keluarganya. Thayil mulai menulis lirik pada usia 12 tahun.